Program Pascasarjana UNY menawarkan 35 prodi yang terdiri atas 30 prodi berjenjang S-2 dan 5 prodi berjenjang S-3. Hampir seluruh prodi yang ada terkait dengan bidang pendidikan. Hal ini menunjukkan kepedulian PPs UNY dalam bidang pendidikan. Berikut adalah Program Studi dan Akreditasi jenjang S2 di Universitas Negeri Yogyakarta.
| No | Program Studi | Akreditasi | Berlaku Hingga |
|---|---|---|---|
| 1 | Penelitian dan Evaluasi Pendidikan | A | 11-11-2021 |
| 2 | Pendidikan Teknologi dan Kejuruan | A | 03-11-2021 |
| 3 | Manajemen Pendidikan | B | 14-11-2019 |
| 4 | Pendidikan Luar Sekolah | B | 26-09-2019 |
| 5 | Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial | A | 26-09-2019 |
| 6 | Linguistik Terapan | A | 12-12-2020 |
| 7 | Teknologi Pembelajaran | A | 26-10-2018 |
| 8 | Pendidikan Sains/IPA | A | 20-12-2021 |
| 9 | Pendidikan Matematika | A | 14-11-2020 |
| 10 | Ilmu Keolahragaan | A | 29-12-2020 |
| 11 | Pendidikan Dasar | A | 29-12-2020 |
| 12 | Bimbingan dan Konseling | C | 31-10-2020 |
| 13 | Pendidikan Seni | B | 21-01-2021 |
| 14 | Pendidikan Geografi | Proses | |
| 15 | Pendidikan Kimia | B | 29-12-2020 |
| 16 | Pendidikan Teknik Elektronika dan Informatika | B | 27-12-2021 |
| 17 | Pendidikan Teknik Elektro | B | 26-08-2021 |
| 18 | Pendidikan Teknik Mesin | Proses | |
| 19 | Pendidikan Kesejahteran Keluarga | Proses | |
| 20 | Pendidikan Anak Usia Dini | B | 14-11-2020 |
| 21 | Pendidikan Luar Biasa | B | 08-09-2021 |
| 22 | Pendidikan Sejarah | B | 29-01-2021 |
| 23 | Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan | B | 11-01-2021 |
| 24 | Pendidikan Ekonomi | B | 14-11-2020 |
| 25 | Pendidikan Bahasa Jawa | B | 7-11-2020 |
| 26 | Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia | B | 31-10-2020 |
| 27 | Pendidikan Bahasa Inggris | B | 29-09-2021 |
| 28 | Pendidikan Fisika | B | 11-1-2021 |
| 29 | Pendidikan Biologi | B | 03-9-2020 |
| 30 | Psikologi | C | 29-12-2020 |
