Program Pascasarjana UNY menawarkan 35 prodi yang terdiri atas 30 prodi berjenjang S-2 dan 5 prodi berjenjang S-3. Hampir seluruh prodi yang ada terkait dengan bidang pendidikan. Hal ini menunjukkan kepedulian PPs UNY dalam bidang pendidikan.
berikut adalah daya Tampung dan Animo program Studi jenjang S2 di Universitas Negeri Yogyakarta tahun 2017
| No | Program Studi | Daya Tampung | Animo Th. 2016 |
|---|---|---|---|
| 1 | Penelitian dan Evaluasi Pendidikan | 40 | 173 |
| 2 | pendidikan Teknologi dan Kejuruan | 40 | 154 |
| 3 | Manajemen Pendidikan | 40 | 355 |
| 4 | Pendidikan Luar Sekolah | 20 | 44 |
| 5 | Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial | 30 | 148 |
| 6 | Linguistik Terapan | 40 | 165 |
| 7 | Teknologi Pembelajaran | 40 | 136 |
| 8 | Pendidikan Sains/IPA | 40 | 187 |
| 9 | Pendidikan Matematika | 60 | 471 |
| 10 | Ilmu Keolahragaan | 80 | 352 |
| 11 | Pendidikan Dasar | 80 | 530 |
| 12 | Bimbingan dan Konseling | 40 | 148 |
| 13 | Pendidikan Seni | 40 | 142 |
| 14 | Pendidikan Geografi | 20 | 47 |
| 15 | Pendidikan Kimia | 40 | 75 |
| 16 | Pendidikan Teknik Elektronika dan Informatika | 20 | 62 |
| 17 | Pendidikan Teknik Elektro | 20 | 22 |
| 18 | Pendidikan Teknik Mesin | 20 | 25 |
| 19 | Pendidikan Kesejahteran Keluarga | 20 | 20 |
| 20 | Pendidikan Anak Usia Dini | 40 | 142 |
| 21 | Pendidikan Luar Biasa | 20 | 52 |
| 22 | Pendidikan Sejarah | 20 | 36 |
| 23 | Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan | 40 | 139 |
| 24 | Pendidikan Ekonomi | 40 | 61 |
| 25 | Pendidikan Bahasa Jawa | 20 | 37 |
| 26 | Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia | 40 | 147 |
| 27 | Pendidikan Bahasa Inggris | 40 | 292 |
| 28 | Pendidikan Fisika | 40 | 129 |
| 29 | Pendidikan Biologi | 40 | 147 |
| 30 | Psikologi | 20 | 71 |
